食事療法・食物・喫煙に関して アトピーの原因は胃腸あるいは小腸が正常に働いていないためにアレルゲンとなる物質が未消化のまま吸収されることや、腸内細菌叢が乱れていることであるとし、これを正常化することにより治療を目指すという考え方がある（プロバイオティックス）[24]。ただし、いわゆる食物アレルギーの場合は別として、本当に患者の腸に異常があるのか、提唱者の方法でそれが改善されるのか、という点は十分に検討されているとはいえず、この方法には疑問が残る。
SOD様食品療法(実際には不飽和脂肪酸、コーヒー、チョコレート、青魚の除去等も含めた複合療法)がある。四国・土佐清水の丹羽耕三医師とその治療法の研究グループが提唱しているものである。
いわゆる活性酸素を除去する酵素スーパーオキシドディスムターゼ（SOD）の作用を持つ食品により症状の改善を目指すという。この治療法ではある程度以上の症状のある患者にはステロイドを配合した薬も処方し、特に入院しなければならないほどの重症患者に対しては、密封法でステロイドを使用する。
SOD様食品をはじめとする治療法の併用により効果が高まりステロイドの副作用が軽減されると主張している。ただし、活性酸素は実際にDNAの損傷をはじめとする細胞障害性が報告されているものの、これを抑制することによる治療法に関しては、臨床試験などで実際に効果が証明されたことはない。そのためこのグループの治療効果は結局のところステロイド外用剤によるものではないかという疑問も残る。